Výzkumné cíle UIM jsou zaměřeny na studium vlivu infekčních agens v patogeneze alergií a autoimunit. Základní výzkum se týká přítomnosti prionu v krvi, úlohy exprese PrPc na krevních buňkách (www.prionlab.cz), infekce virem vaccinie (změny metabolizmu hostitelské buňky). Aplikovaný výzkum vychází z klinické základny UIM (Teaching Hospital) s akcentací na význam střevní mikroflory a kolostra u dětí alergických matek v prevenci alergických chorob, studium molekulární biologie a patologie buňky u vybraných autoimunit, klinicky závažných stavů (kardiovaskulární, metabolické), možnosti diagnostické prevence (autoprotilátky), vliv bakteriálních imunomodulátorů (Corynebacterium parvum, Propioni bacterium acnes a Bacillus firmus) na slizniční imunitu s cílem výroby slizničních vakcin. Dalším projektem je cílené zaměření studia vlivu genetiky a infekce (Helicobacter p.) na vznik autoimunitní tyroiditidy.
Vědecko-výzkumná práce Ústavu imunologie a mikrobiologie je tvořena v jednotlivých odděleních dle specifikace jejich činnosti a jejich přístrojového vybavení. V rámci imunologie je zaměřena na sledování vlivu některých farmak na imunologické parametry in vitro event. in vivo a na sledování možností ovlivnění imunitního systému bakteriemi, jejich produkty a složkami. Náplní práce je izolace imunomodulátorů, z grampozitivních bakterií, analýza a testování jejich účinnosti na experimentálních modelech in vivo a in vitro. Metodami studia jsou infekční a nádorové modely, testování aktivace makrofágů a lymfocytů, adjuvantní působení aj. V této souvislosti jsou sledovány zejména účinky na slizniční imunitu a slizniční vakcinaci. Řeší se i problematika životního prostředí s ohledem na vliv některých těžkých kovů na T buněčnou imunitu. Dále se řeší otázky z oblasti neuroimunologie a imunoendokrinologie. Pracovníci ústavu se podílejí na řešení tří výzkumných záměrů, na pracovišti jsou řešeny grantové projekty jak univerzitní, tak i jiných grantových agentur (IGA MZ ČR, GAČR). V mikrobiologické části ústavu je vědecká práce zaměřena na široké spektrum otázek (studium vlastností Helicobacter pylori, především charakteristika faktorů virulence a sledování protilátkové odpovědi u dětí a dospělých, studium chemických a biochemických vlastností bakteriálních imunomodulátorů založených na bakteriích Propionibacterium acnes a Bacillus firmus a jejich frakcí s praktickým dopadem vývoje, výroby a klinických aplikací registrovaného léčiva imunomodulační vakcíny Corynebacterium parvum, výzkum aplikací instrumentálních metod chemické analýzy v mikrobiální taxonomii, detekci a identifikaci bakterií s praktickým dopadem na klinickou bakteriologickou diagnostiku bakteriémií, septických stavů a hnisavých a nehnisavých exsudátů, výzkum mikrobiální koroze kovů spojené s působením sulfátredukujících bakterií s praktickým dopadem na protikorozní ochranu tranzitního plynovodu, rozvoj molekulárně-biologických diagnostických metod založených na průkazu typických sekvencí nukleových kyselin mikroba). Ústav pořádá, za materiální podpory sponsorů z řad výrobců, 2 - 3x ročně praktické kursy využití amplifikačních technik, zejména PCR a RT-PCR, pro laboratorní odborníky z praxe, do roku 2000 na mezinárodní úrovni (celkem 227 účastníků ze 16 zemí). V rámci vedlejší hospodářské činnosti ústavem zřízená, SÚKL akreditovaná laboratoř, provádí kontroly sterilit výrobků farmaceutického průmyslu. Dalšími sledovanými oblastmi jsou výzkum účinků oxidu dusnatého na inhibici či naopak stimulaci růstu viru vakcinie a HIV-1, výzkum apoptózy makrofágů infikovaných virem vakcinie, mechanismu účinku protoonkogenu Bcl-2 exprimovaného pomocí rekombinantních virů vakcinie, úlohy exprese buněčného prionového proteinu na krevních buňkách v přenosu prionových chorob krevní transfuzí, optimalizace detekčních metod pro detekci prionů v krvi a výzkum fyziologické úlohy buněčného prionového proteinu. Nová laboratoř buněčné imunologie rozšíří možnosti využití imunologických metod ke sledování vlastností a možného experimentálního ovlivnění jednotlivých lymfocytárních subpopulací, NK buněk a dendritických buněk, a k jejich případnému dalšímu využití.